肛门长痘痘伴有疼痛，应该属于肛周皮肤的痤疮，是由于肛周皮肤毛囊内出现感染所引发。局部可以外用抗生素类的软膏缓解感染症状，例如莫匹罗星软膏或者红霉素软膏。

平时还要注意清淡饮食，避免辛辣刺激性的食物，避免久坐。要注意肛门局部的清洁、卫生，便后要清洗肛门，穿衣要宽松、透气并保持肛门部的干燥。

另外，也有可能是肛门周围湿疹伴有感染，不仅会导致疼痛还会伴有明显的瘙痒。可以使用高锰酸钾溶液坐浴，配合外用曲安奈德益康唑软膏缓解症状，症状严重的患者需要及时去医院就诊。