肛门长痘痘有点疼痛，考虑是毛囊炎、血栓性外痔引起的。

由于肛门局部的毛囊腺分泌旺盛，如果平时没有注意卫生，清理不干净，会导致毛囊出现堵塞，引起细菌感染，形成化脓性的炎症，像痘痘一样凸起疼痛，这时局部涂抹莫匹罗星软膏抗感染治疗。

也有可能是血栓性外痔引起的，血栓性外痔是因为局部的血液回流不畅，引起局部充血、水肿，从而引起肛门出现疼痛。如果确诊是血栓性外痔，需要及时做手术剥离血栓，再静脉点滴抗生素抗感染治疗。

平时要注意避免食用辛辣、刺激的食物，注意肛周的清洁和干燥，避免加重病情。