运动后肩关节疼痛的原因包括以下几点：

1.运动的时间过长，导致肩部关节摩擦较重或者肩部的肌肉、韧带等出现拉伤，在运动后肩部会有明显的关节疼痛。

2.运动时肩部在短时间内有剧烈的活动，期间产生大量的乳酸。而剧烈运动时肌肉的供氧会有缺乏的情况，在无氧代谢时乳酸就不能及时排出，从而会有酸胀、疼痛的症状。

3.患有风湿性的关节炎症，在进行肩部的体力劳动、剧烈运动或者受凉后都会有明显的疼痛。

4.肩部长期搬运重物，局部的肌肉因劳损而引起无菌性炎症，运动后会加重疼痛的症状，应该认真对待才可以得到满意结果。