主肺动脉间隔术后，单纯的主肺动脉间隔缺损患儿，术后预后良好，可恢复正常的心脏功能和生活。年龄较大、肺血管阻力在术前超过一定数值及伴随其他复杂畸形一般预后不良。只有极少数患者术后因发生大血管狭窄需再次干预。

术后需常规辅助呼吸6～8h，对缺损大、肺动脉压明显增高者，应适当延长辅助呼吸时间。第二方面，扩血管药物以降低肺动脉压，对术前有肺动脉高压者，应充分重视。 日常护理方面，居室应保持适当的温度和湿度，保持空气新鲜。出院3个月内，不宜到公共场所活动，防止感染。遵医嘱定期复诊。饮食护理方面，婴儿需母乳喂养，幼儿应进食营养丰富、易消化饮食，保证足够的蛋白质及热量的摄入。