主肺动脉间隔缺损时在生主动脉与肺动脉之间形成大动脉水平的左向右分流，由于缺损区通常较大，分流量较多。肺动脉血流量明显增加，意义脚爪的产生张力性肺动脉高压，长期肺血流量增加和肺动脉高压，会出现肺小动脉内膜增厚，肺动脉基层和纤维组织增生，最终导致主力性肺动脉高压。

当肺动脉压超过主动脉压，形成双向分流或者是右向左分流时，病人就会出现紫绀，首先是容量负荷增加引起左心室扩张，肺血流量增加和肺动脉高压时可导致右心室扩张肥厚和心力衰竭。