Ⅱ型肾小管酸中毒辅助检查主要包括酸负荷试验、碱负荷试验。其中酸负荷试验，如果尿ph值≤5.5，应怀疑本病。而碱负荷试验就是口服碳酸氢钠从1mmol/kg•d开始,逐渐加量至10mmol/kg•d。

酸中毒被纠正后测血、尿碳酸氢根离子的浓度与肾小球的滤过率，计算出尿碳酸氢根离子的排泄分数。正常人尿中碳酸氢根离子排泄分数为0，而Ⅱ型、混合型的肾小管酸中毒尿碳酸氢根离子排泄分数大于15%，而Ⅰ型肾小管酸中毒RTA为3%-5%。