肛瘘早期可以不手术，采用保守药物治疗。

肛瘘的早期表现是肛周脓肿，肛周脓肿是肛周出现痛性包块，表面皮温升高、肿胀，伴随着跳痛或者胀痛，在剧烈活动或者排便时更加明显，在脓肿破溃后脓液排出，疼痛减轻或者消失。其治疗上，可以及时服用抗生素，局部外涂消炎药膏或者高猛酸钾1：5000比例进行盆浴，在发现局部出现流脓情况时，说明形成肛瘘，此时应该采用手术治疗。

手术方式多采用挂线疗法、肛瘘切开术、肛瘘切除术，同时可以继续进行盆浴或者中药熏蒸治疗。