甲流和乙流同属于流感病毒感染，用药无显著差别，两者均需要相同抗病毒药物及对症治疗。

其中以奥司他韦疗效确切，它属于神经氨酸酶抑制剂，对甲流、乙流均有效，且具有预防作用。在起病后48小时内及时应用，可有效缓解症状，减少重症病例发生。

阿比多尔是近几年上市的新型抗病毒药，属于血凝素抑制剂，同样应用于这两种流感。与奥司他韦同类别的还有扎那米韦、帕拉米韦等。有抗病毒作用的中药有连花清瘟颗粒等，对于发热均可以应用退热药物对症治疗。