良性的胰腺囊肿主要是指胰腺真性囊肿和胰腺假性囊肿，以及不分的囊腺瘤等。

少数的胰腺囊肿没有明显的临床症状，患者多数是在查体时偶然发现。如果囊肿比较大，压迫了周围的组织和器官，患者会出现腹痛，疼痛部位大多在上腹部，疼痛范围与囊肿位置有关，常向背部放射。伴有恶心、呕吐、食欲下降，体重下降见于部分病例，发热常为低热。

如果囊肿压迫幽门可导致幽门梗阻，压迫十二指肠可导致高位的肠梗阻，压迫胆总管可引起梗阻性的黄疸等。