直肠损伤大多数需要手术治疗，手术的目的是避免或者控制严重感染的发生。

治疗时需要行肠道改道、远端直肠需要持续冲洗，降低感染的概率，局部需要引流，以防止感染物质积聚周围组织。

手术应根据损伤的原因、部位、伤情以及就诊时间等因素综合判断来选择手术方式，可单用或者合用转流性结肠造瘘、直肠修补术、骶前引流以及直肠灌洗等方法。对于严重的肛管直肠损毁性损伤，则应行经腹会阴直肠和肛管切除术。