膜性肾病需要与膜型狼疮性肾炎相鉴别。狼疮性肾炎常见于年轻女性，有系统性红斑狼疮的多系统损害的表现。病理表现为具有增殖性病变的非典型膜性肾病的特点，免疫荧光会出现“满堂亮”现象。而个别患者以肾脏病为首发表现，病理接近典型的膜性肾病，在此后数年中才逐步符合系统性红斑狼疮的诊断标准，因此，需要密切的随访。

此外，还需要与乙型肝炎病毒相关性肾炎相鉴别。儿童及青少年膜性肾病常继发于乙型肝炎病毒感染。可有乙型肝炎的临床表现或乙型肝炎病毒的血清学异常。而病理表现为具有增殖性病变的非典型膜性肾病，在肾组织中能够检验出乙型肝炎病毒抗原成分。

此外，膜性肾病还需要与肿瘤相关性膜性肾病相鉴别，肿瘤相关性膜性肾病见于各种恶性实体瘤以及淋巴瘤。在病理上与不典型膜性肾病很相似。多数患者可以在确诊膜性肾病后2-4年才发现肿瘤。这一类患者多发生在老年，占60岁以上膜性肾病的20%，所以对于老年患者应查找肿瘤并密切随访。

此外，药物或毒物相关性的膜性肾病均有接触史，停药后多数患者可以自发缓解，在病理上也可以与膜性肾病相鉴别。