肛门的松缩和排便功能是受神经支配内外括约肌和肛提肌来维持。肛门失禁可有多种原因引起，常见的有神经源性因素，如相应脊髓阶段损伤或脊神经损伤等可导致肛门失禁。

另外，还可见于肌原性因素，肛管直肠环是由肛管内括约肌、直肠壁纵肌的下部、钢管外括约肌的深浅部和相邻的部分耻骨直肠肌纤维组成的强大肌环，共同环绕直肠和肛管移行处的外围，此环是扩约肛管的重要结构，若手术时不慎完全切断，可引起大便失禁。

另外，还有先天性疾病可以导致肛门失禁。