传染性软疣和扁平疣在感染的病毒种类、临床外观和治疗上都有区别。

传染性软疣主要是痘病毒感染，而扁平疣则是人类乳头瘤病毒感染。传染性软疣的临床外观，主要以散在分布的丘疹为主，这种丘疹呈肉色、黄色。当生长到一定程度时，可以在丘疹的顶端见到一个凹陷的小点，挤破疣体之后可以见到白色的软疣小体。

而扁平疣则是可以呈片状分布或者散在分布的一种扁平样的丘疹样突起，这种凸起表面光滑，一般不疼不痒，挤破之后里面不会出现其他的物质。

而治疗方面，传染性软疣建议选择使用刮疣法，将里面的白色小体挤压出来就可以。而扁平疣，则建议选择使用一些抗病毒类的药物来进行治疗。