首先，汗管瘤和扁平疣的病因不同。汗管瘤是一种良性肿瘤，而扁平疣是由HPV病毒感染引起的；两者的传染性不同。汗管瘤不具有传染性，但是扁平疣具有传染性，可以自身传染，也可以传染给他人。

其次，两者的好发年龄不同。汗管瘤好发于成年女性，而扁平疣好发于不同年龄段的男女；两者的好发部位也不同，汗管瘤好发于双侧眼睑周围，而扁平疣好发于面部、手背和前臂。

此外，两者的皮疹表现不一。汗管瘤分布密集，但是不相互融合，独立存在，而扁平疣皮损数目多时可以相互融合，还有同型反应。