治疗肛门神经性皮炎，最好同时采用西药及中药进行治疗。

西药方面可服用或静脉滴注抗组胺的药物，如维生素C、外抹皮质类固醇类激素药膏等。还可以将硼酸及雷夫奴尔兑成药液，局部湿热敷或湿冷敷。将95%的乙醇、亚甲蓝等液体配成混合药物，进行封闭疗法，也可以有效治疗肛门神经性皮炎。

中药方面可使用一些中药煎水外洗，比如五倍子、蛇床子、苦参、地肤子、白藓皮、川椒、大黄等。这些药物最好在疾病早期使用，药物吸收好，治疗效果明显。

如果肛门神经性皮炎转成慢性的，治疗效果就比较差。