导致射精管不通的原因不同，治疗方法也不一样。

如果射精管不通为炎症感染所引起，应当使用消炎类的药物予以治疗，比如左氧氟沙星、阿莫西林等，当炎症感染逐渐消除后，射精管也会变得通畅。

如果存在射精管囊肿，囊肿较大时，就会导致射精管不通，必要时应通过微创手术进行治疗，将囊肿进行切除，在术后还需配合使用抗生素类药物，避免出现感染。

如果存在先天性射精管畸形，也需要通过手术进行治疗，因此不同原因所引起的射精管不通，处理方法也不一样。