肛门有多个瘘管是会影响排便。因为多个瘘管会导致直肠周围形成纤维化瘢痕，导致肛门舒张和闭合功能出现障碍，排便受到影响，有可能会引起排便不净、排便疼痛。

一旦形成肛瘘后，必须要做手术把瘘管切开，并要仔细探查，找到内口完整切除瘘管。如果有多条瘘管，走向较复杂，属于复杂性的高位肛瘘，需进行挂线疗法。

手术后要进行输液、抗感染治疗，然后再对局部的伤口定期消毒换药，每天要用温水清洗伤口，避免分泌物滞留在伤口内，促进伤口由里到外愈合，防止出现假性愈合。