肛瘘会对正常排便产生影响。肛瘘的表现是周期性发作，时有时无，脓液间断性排出。一般无疼痛，当病情早期脓液积存于瘘管内，压力增高引起局部胀痛；当破溃或者手术引流后，脓液流出后疼痛马上减轻。

体检时大部分患者在肛缘可触及索条状硬块，按压轻度疼痛，延伸至直肠内。排出的脓液未及时清洗，刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。

复杂的肛瘘或迁延日久的病例常常伴有排便困难，尤其长期患者有便秘的患者，大便质硬、较粗。排便时给肛管造成很大的压力，容易撕裂肛管，加重病情。