大拇指指甲盖凹陷，可能是真菌感染、缺乏微量元素等原因引起的。

如果平时不注意手部的卫生容易造成真菌感染，从而导致指甲盖出现变形、凹陷、颜色灰白。缺乏某些微量元素，由于指甲缺乏营养也可导致出现变形、凹陷。缺铁性贫血由于血指甲得不到充足的血液供应，缺乏营养，也可以造成大拇指指甲盖凹陷。

此外，低氧血症的患者由于机体的动脉氧分压下降，会造成四肢的神经末梢组织循环缺氧，从而导致大拇指的指甲营养代谢发生障碍，也可以导致指甲出现凹陷的现象。