脚上大拇指指甲凹陷，可能为缺钙或缺少微量元素所导致，也可能为真菌感染、灰指甲所致。此外，缺氧导致神经末梢血液循环不畅，使指甲的营养代谢出现异常，也可能会出现指甲凹陷。

出现脚上大拇指凹陷应去医院进行相关检查，明确具体的引发原因，选择合理的治疗方案。

如果为缺钙和维生素所致，应及时补充钙剂和维生素，可使拇指凹陷症状慢慢缓解；如果为真菌感染，应服用抗真菌的药物，真菌消灭后，拇指凹陷症状也会慢慢消失；如果为缺氧导致营养代谢异常所致，应到医院配合医生做好相关治疗。