大拇指指甲上有凹陷很可能是缺乏微量元素所致，因为有些人有偏食、挑食的习惯，这就容易出现微量元素缺乏的情况，从而导致大拇指指甲上有凹陷。

如果大拇指指甲感染了真菌，会影响甲床的生长，也容易出现大拇指指甲上有凹陷的情况。另外，如果以前大拇指指甲的部位受过伤，也有可能会影响甲床，从而出现大拇指指甲上有凹陷的情况。

如果出现了大拇指指甲上有凹陷的情况，要及时去医院查清楚原因，如果是真菌感染所致，需要进行抗菌治疗，从而有效解决大拇指指甲上有凹陷的问题。