肛瘘是肛周脓肿发展到最后的一个结局。其病因是因肛窦发生了感染，导致形成肛门直肠周围的脓肿。

肛周脓肿自然破溃后或经手术切开排脓后，脓腔壁的结缔组织和肉芽组织增生，缩窄呈管状、外口缩小，而内口未得到处理会持续存在，而且反复感染，不能自愈，从而形成肛瘘。

肛瘘由内口、瘘管、和外口三部分组成，其特征为内口位于肛内，瘘管穿过肛门直肠周围的组织，外口位于肛周的皮肤上，经常会有脓性分泌物自外口流出。有时会因外口闭合而引流不畅，导致外口周围或附近重新出现破溃流脓，反复发作，经久不愈。