低位单纯性肛瘘大多是由于低位肛周脓肿导致的，由于低位肛周脓肿经切开引流或者自行破溃所产生的后遗症。切开引流的切口或者破溃的破口就会变成肛瘘的外口，而感染的肛隐窝会变成肛瘘的内口，内口和外口之间的条索状物，就是肛瘘的瘘管。

而肛周脓肿主要是由于肛隐窝感染扩散至肛管直肠周围各个间隙，引起的化脓感染性疾病。

还有一些炎症性肠病也会导致肛瘘形成，比如溃疡性结肠炎、克罗恩病以及结肠结核等，而这类疾病导致的肛瘘大多为复杂性肛瘘。另外，肿瘤、肛裂等也会导致肛瘘形成。