甲状舌骨囊肿与瘘的并发症主要是可能会发生癌变。

甲状舌骨囊肿与瘘主要是由于在胚胎发育第8周时，甲状舌管未完全退化造成。患者通常并不会出现明显的症状，只是偶尔会出现咽部和颈部的不适。但是如果发生感染，患者可能会出现咽喉部红肿、疼痛，并有液体流出的情况。

甲状舌骨囊肿与瘘一旦确诊后，需要及早进行手术切除，连同部分舌骨和周围软组织一并清除，可减少复发。但是如果不进行手术切除，久而久之很有可能会发生癌变，这对患者的伤害极大。