甲状舌骨囊肿与瘘可以吃金霉素、氯霉素、四环素等药物，这些药物属于抗生素，主要是用来控制感染，甲状舌骨囊肿与瘘很容易发生感染，因此需要服用抗生素来控制感染。

甲状舌骨囊肿与瘘的主要治疗方法是手术治疗，但是如果患者已经发生了感染，是不可以直接进行手术，需要在感染消除后才可以进行手术。

甲状舌骨囊肿与瘘由于具有癌变的可能，因此一旦确诊后需要及早进行治疗。如果已经发生了癌变，在手术治疗后，还需要进行放化疗。