半夜三更牙疼的原因有以下几点：

1.急性牙髓炎引起。特别是细菌感染牙髓时会有剧烈疼痛，且是阵发性，夜间症状会加重，需要及时进行根管治疗才能消除疼痛的症状。

2.口腔炎症引起。经常睡觉之前不刷牙或者漱口，由于食物残渣存在，会有大量细菌在口腔内生长，诱发口腔内的炎症后，会对牙齿造成刺激引起牙疼

3.消化道疾病引起。特别是患有反流性的食管炎或者胃炎，夜间睡觉时由于平躺会引起反流，胃酸在口腔中刺激到牙齿，会有疼痛的症状。