尖锐湿疣感染后,潜伏期为1～6个月，约2/3的患者3个月内与肛门生殖器疣患者有接触史。

HPV感染后，无临床表现者可多达90%，可能是亚临床型、潜伏状态，也可能终生不发病。发病部位多在肛管黏膜于皮肤交界处、肛门边缘及外阴部。初起时，可呈微小淡红色、暗红色或污灰色乳头状隆起，表面常颗粒状或粗糙不平，形如帽针头或花蕊状，逐渐增多增大，并可融合成片或相互重叠生长，可呈菜花状、鸡冠状或巨大团块，其根部常有蒂。

如果继发感染或疣体内供血不足可有脱落、糜烂和溃疡形成。初起时可无明显不适，随着疣体增大可出现局部瘙痒（常夜间加重）、压迫感、轻微刺痛，肛管内发病者可有里急后重感，或便鲜血。表面若溃烂则渗出混浊浆液，带有恶臭。长期不及时治疗，可癌变。