虹膜色素痣是不会自行消失的。

它的发生大多是因为先天的原因。大多数患者的虹膜色素痣是会始终存在的，少数患者会随着眼球的发育，色素痣也逐渐变大，而且可能颜色会逐渐加深，甚至出现恶变的可能。

所以虹膜色素痣发现时，一定要密切随诊观察，如果有逐渐变大变深的可能，还是建议及早进行手术治疗的。也避免它过大致房角堵塞，引起眼压升高，出现继发性的青光眼。

在临床上也要注意，与葡萄膜恶性黑色素瘤相鉴别的。若是后者，一定要积极治疗。