怀孕三个月小腹有轻微的疼痛是先兆流产的临床症状，还要同时看有没有阴道出血的表现，建议做一个超声检查，了解一下胚胎生长发育的情况。怀孕三个月已经达到妊娠十二周了，这个时候胚胎已经基本上比较稳定了，所以小腹如果只是轻微的疼痛，不要过于担心。

超声检查，如果胎儿的生长发育都是正常的，可以通过适当的休息观察，但是如果持续的下腹部隐痛，还可以给予一定的黄体酮口服或者是肌肉注射进行适当的保胎治疗。黄体酮可以起到稳定子宫的作用，有一定的保胎效果。

怀孕三个月，如果是持续的小腹部疼痛，仍然要小心有可能与流产有关。所以建议到医院检查一下进行相关的处理，必要时给予保胎治疗。