着色性真菌病的治疗一般主要是进行抗真菌治疗，而抗真菌治疗方法一般是通过口服药物来达到目的，通常可以口服一定的伊曲康唑，或者是口服特比萘芬等。当然，在口服这些药物之前，也要确保患者的肝肾功能没有异常。

对于着色性真菌病所形成的肉芽肿，可以通过物理的治疗方式进行去除，比如可以采取电凝固或者是电离子治疗方法来进行去除，有的也可以采取激光的方式进行治疗。

如果肉芽肿形成的肿块较大，需要进行手术切除治疗，而且如果切除以后所造成的疤痕，也可以通过一定的皮肤移植来进行治疗。