着色真菌病出现的后遗症主要以局部淋巴管堵塞为主，会导致慢性淋巴水肿，从而引发皮肤表皮肿胀，形成类似于像皮肿一样的改变。

其次，这种疾病形成的破溃在愈合之后会留下明显的瘢痕，还会在瘢痕表面形成色素沉着。个别人群有白癜风的，有可能会在皮损部位形成新的白癜风皮损，从而对人体的健康不利。

这种着色真菌病预后一般较差，容易造成反复发作，所以要有一定的心理准备。如果有必要，可以在早期病变的时候考虑手术切除，可以在一定程度上降低这种疾病留下后遗症的概率。