黑色棘皮症造成的危害除了自身本身引发皮肤表面形成的一些色素沉着、绒毛样改变或者结节样改变之外，还会出现一些并发症。有可能会引发硬皮病，导致局部皮肤增厚、粗糙，会引起强烈的皮肤瘙痒。还有可能会引发一些狼疮性的肝炎，会导致患者皮肤表面出现一些典型的红斑。

除此之外，个别人群还会合并脂肪营养不良，有可能会导致蛋白尿或者是血尿的现象。有的人却会引发肝脏肿大或者是阴茎肥大等外阴方面的影响。

如果黑棘皮症治疗不及时，也有可能会逐渐加重，合并一些恶性肿瘤，比如肝癌或者是胃癌等。