肛周脓肿与肛瘘主要有以下一些区别：

首先，感染类型不同。肛周脓肿属于急性化脓性感染，而肛瘘属于慢性感染。

其次，临床症状不同。肛周脓肿主要表现为肛门周围剧烈的疼痛症状，还会伴有发热、畏寒、寒战等全身症状。而肛瘘主要表现为肛周反复肿痛以及流脓，疼痛症状相对偏轻。

再次，体格检查不同。肛周脓肿可在患者肛周触及质硬的红肿硬块，脓肿成熟后会伴有明显的波动感。而肛瘘可在肛周触及肉芽肿性外口，挤压后有脓液渗出，低位肛瘘可触及条索状的瘘管。