扁桃体化脓的原因主要是炎症反应，治疗主要是消炎治疗。

正常人的咽部和扁桃体的隐窝内都会存在着一些病原体，当机体抵抗力下降的时候，扁桃体隐窝内的病原体就会大量繁殖，毒素侵犯破坏扁桃体隐窝上皮，细菌侵入到扁桃体实质内的淋巴滤泡，就会出现充血、肿胀，继发化脓，就会出现化脓性扁桃体炎。

治疗主要是消炎治疗，尽早应用抗生素，首选青霉素类，根据炎症严重程度，选择治疗方法。局部用漱口液漱口，外用消炎喷剂喷咽，或是中药调理，注意清淡饮食。如果扁桃体炎反复发作，在炎症控制理想的前提下可以手术治疗。