真菌性中毒的特点就是潜伏期短，有胃肠道症状，如腹部不适、恶心、呕吐、腹胀、腹痛、厌食、偶尔腹泻等。

根据各种霉菌毒素的不同作用，肝、肾、神经、血液等系统损害。相应的症状如肝肿胀、压痛、肝功能异常、黄疸常见于黄曲霉和岛屿、青霉中毒、蛋白尿、血尿，甚至少尿。

一些真菌引起中性粒细胞减少或中性粒细胞缺乏、血小板减少和出血。有些真菌中毒容易出现神经系统症状，如头晕、头痛、昏厥、烦躁不安、运动障碍，甚至出现抽搐、昏迷、瘫痪等。