巧克力囊肿如果不进行治疗，在绝经前是会越来越大的，绝经后有可能会逐渐萎缩。

因为巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上而形成的囊肿，卵巢内周期性的出血，大量的囊液积聚于囊腔内，所以囊肿会越来越大，囊壁长期受囊液的刺激，会发生破裂，所以也会变厚变大。随着囊腔内压力的增加，有些甚至会发生自发性破裂导致腹痛，引起盆腔的广泛粘连，引起腹痛以及不孕不育。

所以巧克力囊肿如果有明显的症状，而且逐渐增大，就应该及时进行手术治疗。尤其是对于有生育要求的女性，巧克力囊肿手术后会明显地提高受孕几率，提高生育能力。