百日咳和支原体感染的区别主要表现在以下几方面：

1.病因不同。百日咳是由百日咳杆菌感染引起的急性呼吸系统传染病，具有很强的传染性。而支原体感染则是由于支原体导致的呼吸系统或泌尿系统疾病。

2.临床表现不同。百日咳患者主要表现为痉挛性咳嗽，伴有汽鸣样的吸气音。支原体感染后可以表现为发热、干咳等呼吸系统的症状，也可以表现为尿频、尿急、尿痛等泌尿系统感染症状。

3.治疗方案不同。百日咳的治疗以抗菌药物治疗为主，同时辅以止咳、平喘药物对症治疗。支原体感染则以抗支原体治疗为主。