肛周脓肿的致病因素多见于肛腺、肛窦的感染，肛窦感染后随即会引起肛腺感染、化脓，炎症迅速向肛周的组织间隙内扩散。

还有就是肛门局部刺激和损伤，比如经常吃刺激性食物，导致肛管直肠粘膜充血，干燥质硬的粪块挤压、摩擦撕裂肛管皮肤粘膜，食物中的异物刺伤肛管直肠。

肛交在没有采取肠道清洁以及充分的扩肛，使肛门充分适应，容纳阴茎或者其它情趣物品，而粗鲁暴力插入，很容易造成肛管直肠损伤，尤其肛周脓肿术后疤痕展申性差，极易造成疼痛和再次感染。