心慌气短发作时，患者最好不要跑步。要尽快去医院查明原因，明确患者的心脏功能，是否存在异常。

患者应当去医院进行心电图、心脏彩超、动态心电图的检查。查明心脏供血状况，以及是否有心律失常、冠心病等器质性心脏病。如果上述检查，均没有问题，并且在医生的诊断下，排除了身体疾病的原因，只是单纯的心慌气短，是不影响以后适量跑步的。

如果患者有器质性心脏病，还坚持跑步，可能会造成心肌供血供氧不足，使得心慌气短症状，进一步加重。还有可能会导致心绞痛、心肌梗死等更严重的疾病。