肛周脓肿和疖子最根本的区别在于是否有内口。绝大多数的肛周脓肿均有内口，内口所处的肛隐窝为肛周脓肿的感染源，大多数的肛周脓肿都由于肛隐窝处的肛腺感染所导致的，所以肛周脓肿感染的方向是由内向外，直肠内的肛腺向外侧的肛管直肠周围间隙蔓延所引发。

而疖子感染的方向是由外向内，是由于肛门周围皮肤外源性细菌入侵导致皮脂腺，以及其周围组织出现化脓性感染而形成。

另外一个区别就是肛周脓肿自行破溃，脓液引流后会发展成为肛瘘，而疖子出现破溃，脓液引流后就会自行愈合。