怀孕3个月头疼，可能与以下因素有关：

1.怀孕初期女性的心理状态会出现改变，有可能出现过度紧张与焦虑的心理，可诱发紧张性头痛。应当调整心理状态，减轻心理压力，消除紧张、焦虑的心理，头痛的症状会逐渐缓解。

2.由于女性在怀孕时身体免疫力较低，如果没有注意身体保暖，导致身体着凉出现感冒会引起头痛，一般还伴有打喷嚏、流鼻涕、咳嗽等症状。一定要在医生的指导下安全用药，不可随意服用药物。

3.怀孕三个月头痛，还可能为血压过高、血糖偏低等因素引起。