怀孕三个月头疼剧烈，可能是以下因素导致：

1.在怀孕以后体内激素发生改变，可能会对头部造成刺激导致头痛症状，是正常的生理反应一般不必治疗。

2.怀孕期间头疼，还有可能跟平时的生活习惯有关。如果经常有过大的心理压力，精神紧张可能会出现偏头痛。

3.若怀孕期间经常外出吹风或者没有做好头部保暖工作，也可能会导致头疼症状。若有明显的头疼症状建议及时就医，以免出现各种并发症，对胎儿的生长发育造成影响。