直肠息肉久治不愈可能会出现癌变，特别是直肠肿瘤性息肉，直肠肿瘤性息肉均有可能会出现癌变，其中直肠绒毛状腺瘤癌变的概率是最高的。所以，对于直肠肿瘤性息肉一经发现应及时行手术切除。

大多数直肠息肉可以在内镜下微创切除，包括内镜下圈套电切术、内镜下黏膜切除术，以及内镜下黏膜剥离术，位置偏低的直肠息肉也可以经肛门直视下切除。而对于局部已经有癌变的直肠息肉，可能就需要行根治性直肠切除手术。

对于直肠非肿瘤性息肉大多并不会癌变，所以，以治疗原发性疾病为主。