男性生殖器畸形包括阴茎畸形、包皮畸形、睾丸畸形、输精管畸形等。大部分的男性生殖器畸形都是先天性的，是胚胎发育异常造成的，主要的病因有：

1.病原体、染色体等遗传因素。

2.药物因素，例如怀孕期间用药过度或者错误用药，导致胎儿畸形。

3.环境因素，怀孕期间处于有化学性、毒性、放射性的环境中，可能引发胎儿畸形。

4.病毒、细菌的感染，也有可能导致胎儿畸形。

后天性的男性生殖器畸形主要是受医源性损伤或者是外伤的影响。