男性生殖器畸形大部分是先天性疾病，主要包括以下几种情况：

1.阴茎畸形：包括隐匿性阴茎、阴茎短小、包皮过长、包茎等。

2.睾丸畸形：包括无睾症、多睾症、睾丸融合、隐睾症、异位睾丸等。

3.附睾畸形：包括附睾缺如、附睾闭锁等。

4.输精管畸形：包括先天性输精管缺如、输精管异位、输精管发育不全。

这些男性生殖器畸形的疾病，一方面与染色体遗传因素有关，另一方面受母体怀孕期间生活、工作环境和用药的影响。