男性生殖器发生畸形会引发以下三种并发症：

一、睾丸畸形，有的患者是睾丸的数量出现异常，比如多睾症和单睾症。

二、输尿管畸形，这种情况分先天性缺失和输尿管重复输精管畸形。

三、阴茎异常，造成阴茎的大小和位置出现异常，同时也伴有畸形状态出现，造成阴茎扭转时出现短暂性疼痛。

男性生殖器出现畸形会引发以上并发症，所以建议及时进行矫正，可以通过手术来达到纠正畸形的目的。但有些先天性的生殖器畸形，很可能无法彻底矫正。