鼠咬热是会出现后遗症的。鼠咬热一般痊愈后可以恢复到正常，极少数会遗留有运动障碍后遗症。

另外，有一些患者可能于急性期并发支气管肺炎，也观察到有并发肝脓肿、脾脓肿、皮肤脓肿形成、脑炎、胰腺炎、腮腺炎、前列腺炎等情况。也有并发细菌性心内膜炎，在原有心脏瓣膜病的患者中更容易发生。

患者一般经过治疗无并发症发生，病程在两周左右可自行消退。少数未经治疗者可持续或反复地出现发热或关节炎，甚至迁延数年，所以，一定要早期治疗。