治疗直肠黏膜内脱垂，主要就是通过药物治疗，或者是通过手术的方法进行治疗。药物治疗的主要目的就是改善大便干燥的情况，避免发生便秘导致患者的不适症状。

通过手术治疗主要就是经会阴的手术，也就是经肛门直视下进行内脱垂黏膜组织的结扎悬吊手术。还可以采用痔上黏膜环形切除吻合的手术方式，可以起到良好的上提作用。

另外，直肠黏膜内脱垂也可以进行局部的药物注射治疗，在临床上比较常用的就是消痔灵注射液或者芍倍注射液。一般是进行直肠间隙的注射，同时进行脱垂位置的注射，目的就是发生无菌性的粘连，可以起到良好的治疗作用。