引起咳黄痰疼痛的原因，主要有以下几种情况：

1.最常见的原因，就是气管、支气管或者肺部有细菌感染，也有可能患者本身有支气管扩张症合并了细菌感染。这种情况要积极地到正规医院系统检查，比如查血常规、做痰涂片或者胸片等，找出致病菌。如有必要，应选择敏感的抗菌药物抗感染治疗。

2.当患有肺脓肿，有时也会咳黄痰疼痛，肺脓肿的痰液一般为黄色脓臭痰。

3.如果患者是晨起后有少量黄痰，而白天没有，比如长期抽烟的人，这就有可能是因为通过一晚上呼吸道分泌物浓缩引起，这种情况一般不需要治疗。