胃肠道间质瘤如何确诊，需要以下诊断流程：

1.行胃镜、肠镜，或者小肠镜检查，确定存在黏膜下肿物。

2.行超声内镜检查，确定黏膜下肿物来源于哪一层，初步评估黏膜下肿物的性质。

3.对于体积较大的黏膜下肿物，可以超声内镜引导下穿刺获取病理，并行免疫组化确诊。

4.对于体积较小的黏膜下肿物，可以在临床充分讨论评估后，行内镜下微创手术治疗完整切除病变，送病理检查以及免疫组化检查确定肿物性质。

5.如果考虑存在小肠间质瘤，则需要外科手术治疗获取病理以明确诊断。

总之，胃肠道间质瘤的确诊依赖于病理以及免疫组化检查结果。获取病理的过程可以是内镜下微创切除，也可以外科手术治疗。